Die Bestände des Stadtarchivs Fulda gliedern sich in ein älteres "historisches" Archiv (Bestände vor 1945, mit Vorakten bis ca. 1850) und ein jüngeres "Verwaltungsarchiv" (nach 1945). Die Systematik des älteren Archivs geht auf die Verzeichnungstätigkeit des ersten Stadtarchivars Josef Kartels zurück, der den Gesamtbestand in 24 Sachrubriken einteilte (später um 2 Rubriken ergänzt) und die Bestände mit römischen Ziffern bezeichnete. Das "Historische Archiv" umfaßt ca. 22 000 Akten und Bände auf ca. 520 Regalfachbodenmetern (lfm). Nicht erfaßt ist hierbei der Urkundenbestand, der sich aus mehreren Provenienzen zusammensetzt (neben der Stadt u.a. auch die Armenverwaltung, die Spitäler und die Herren von Ebersberg genannt Weyers). Der Urkundenselekt enthält ca. 500 Stücke von 1295 bis 1995. Das Verwaltungsarchiv erhält durch Ämterabgaben regelmäßig Zuwachs. Derzeit umfasst es ca. 1.200 laufende Meter.

Älteres wie neueres Archiv sind durch EDV-Findmittel erschlossen.